第十四章 生存分析


     
    第十四章 生存分析
    第节 Life Tables程
    1411 功
    1412 实例操作
    第二节 KaplanMeier程
    1421 功
    1422 实例操作
    第三节 Cox Regression程
    1431 功
    1432 实例操作
     
    床诊疗工作评价中慢性疾病预般适合治愈率病死率等指标考核法短时间明确判断预情况患者进行长期访统计定时期生存死亡情况判断诊疗效果生存分析
     
    第节 Life Tables程
     
    1411 功
    调程时系统采寿命表分析法完成病例访资料意指定时点生存状况评价
     
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    1412 实例操作
    [例141] 中药+化疗(中药组16例)单纯化疗(组10例)两种疗法治疗白血病患者访记录存活情况示试较两组生存率
     
    中药组

    访月数
    否死亡
    访月数
    否死亡
    10
    2
    12
    13
    18
    6
    19
    26
    9
    8
    6
    43
    9
    4
    31
    24
















    2
    13
    7
    11
    6
    1
    11
    3
    17
    7










     
    14121 数准备
    激活数理窗口定义变量名:访月数变量名TIME否死亡变量名DEATH分组(中药组组)变量名GROUP输入原始数:访月数原数值否死亡1否0分组中药组1组2
     
    14122 统计分析
    激活Statistics菜单选Survival中Life Tables项弹出Life Tables话框(图141)话框左侧变量列表中选time点击Ø钮进入time框Display Time Intervals栏中定义需显示生存率时点例求0月显示48月间隔2月0 through框中输入48by框中输入2选death点击Ø钮进入Status框点击Define Event钮弹出Life TablesDefine Event for Status Variable话框Single value栏中输入1表明death 1发生死亡事件者点击Continue钮返回Life Tables话框选group点击Ø钮进入Factor框点击Define Range钮弹出Life TablesDefine Range for Factor Variable话框定义分组范围Mininum框中输入1Maxinum框中输入2点击Continue钮返回Life Tables话框
     
     

    图141 生存资料寿命表分析话框
     
    点击Options钮弹出Life Tables Options话框Plot栏中选Survival项求绘制生存率曲线图Compare Levels of First Factor栏中选Overall项求作组间生存状况较点击Continue钮返回Life Tables话框点击OK钮完成分析
     
    14123 结果解释
    结果输出窗口中统计数:
    26观察象进入分析系统先显示中药组(group 1)生存状况寿命表户指定0月起隔2月直42月(原指定0—48月42月生存概率已042月48月生存状况显示)分显示进入该时点例数(Number Entrng this Intrvl)该时点失例数(Number Wdrawn Durong Intrvl)该时点暴露死亡危险例数(Number Exposd to Risk)该时点死亡例数(Number of Termnl Events)该时点死亡概率(Propn Terminating)该时点生存概率(Propn Surviving)该时点末生存率(Propn Surv at End)单位时点累积概率(Cumul Probability Densty)该时点风险例(Hazard Rate)生存率标准误(SE of Cumul Surviving)单位时点累积概率标准误(SE of Probability Densty)风险例标准误(SE of Hazard Rate)例中药+化疗方式治疗白血病患者8月时死亡率1739生存概率8261生存率6638风险例95242月时生存概率生存率均0时风险例100中药组50生存率1944月
    组类结果显示16月时生存概率已0仅0月起隔2月16月止分析显示单纯化疗白血病患者半数生存率约16月点中药组少三月
     
    This subfile contains 26 observations
     
    Life Table
    Survival Variable TIME
    for GROUP 1
    Number Number Number Number Cumul SE of SE of
    Intrvl Entrng Wdrawn Exposd of Propn Propn Propn Proba Cumul Proba SE of
    Start this During to Termnl Termi Sur Surv bility Hazard Sur bility Hazard
    Time Intrvl Intrvl Risk Events nating viving at End Densty Rate viving Densty Rate

    0 160 0 160 0 0000 10000 10000 0000 0000 0000 0000 0000
    20 160 0 160 10 0625 9375 9375 0313 0323 0605 0303 0322
    40 150 10 145 0 0000 10000 9375 0000 0000 0605 0000 0000
    60 140 0 140 20 1429 8571 8036 0670 0769 1019 0441 0542
    80 120 10 115 20 1739 8261 6638 0699 0952 1231 0458 0670
    100 90 10 85 0 0000 10000 6638 0000 0000 1231 0000 0000
    120 80 10 75 10 1333 8667 5753 0443 0714 1348 0420 0712
    140 60 0 60 0 0000 10000 5753 0000 0000 1348 0000 0000
    160 60 0 60 0 0000 10000 5753 0000 0000 1348 0000 0000
    180 60 10 55 10 1818 8182 4707 0523 1000 1453 0489 0995
    200 40 0 40 0 0000 10000 4707 0000 0000 1453 0000 0000
    220 40 0 40 0 0000 10000 4707 0000 0000 1453 0000 0000
    240 40 10 35 0 0000 10000 4707 0000 0000 1453 0000 0000
    260 30 10 25 0 0000 10000 4707 0000 0000 1453 0000 0000
    280 20 0 20 0 0000 10000 4707 0000 0000 1453 0000 0000

    300 20 10 15 0 0000 10000 4707 0000 0000 1453 0000 0000
    320 10 0 10 0 0000 10000 4707 0000 0000 1453 0000 0000
    340 10 0 10 0 0000 10000 4707 0000 0000 1453 0000 0000
    360 10 0 10 0 0000 10000 4707 0000 0000 1453 0000 0000
    380 10 0 10 0 0000 10000 4707 0000 0000 1453 0000 0000
    400 10 0 10 0 0000 10000 4707 0000 0000 1453 0000 0000
    420 10 0 10 10 10000 0000 0000 2354 10000 0000 0727 0000
     
    The median survival time for these data is 1944
     
    Life Table
    Survival Variable TIME
    for GROUP 2
    Number Number Number Number Cumul SE of SE of
    Intrvl Entrng Wdrawn Exposd of Propn Propn Propn Proba Cumul Proba SE of
    Start this During to Termnl Termi Sur Surv bility Hazard Sur bility Hazard
    Time Intrvl Intrvl Risk Events nating viving at End Densty Rate viving Densty Rate

    0 100 10 95 0 0000 10000 10000 0000 0000 0000 0000 0000
    20 90 10 85 10 1176 8824 8824 0588 0625 1105 0553 0624
    40 70 0 70 0 0000 10000 8824 0000 0000 1105 0000 0000
    60 70 20 60 10 1667 8333 7353 0735 0909 1628 0678 0905
    80 40 0 40 0 0000 10000 7353 0000 0000 1628 0000 0000
    100 40 10 35 10 2857 7143 5252 1050 1667 2122 0918 1643
    120 20 10 15 0 0000 10000 5252 0000 0000 2122 0000 0000
    140 10 0 10 0 0000 10000 5252 0000 0000 2122 0000 0000
    160 10 10 5 0 0000 10000 5252 0000 0000 2122 0000 0000
     
    The median survival time for these data is 1600+
     
     
    接着显示两组较结果系统采Gehan分检验法u 0012P 09113中药组组生存率差
     
    Comparison of survival experience using the Wilcoxon (Gehan) statistic
    Survival Variable TIME
    grouped by GROUP
    Overall comparison statistic 012 DF 1 Prob 9113
    Group label Total N Uncen Cen Pct Cen Mean Score
    1 16 8 8 5000 1875
    2 10 3 7 7000 3000
     
     
    系统输出生存率曲线图(图142)图中见组(group 2)8月前段时点生存率均较中药组(
    group 1)略低812月段生存率较中药组略高12月降治疗中加中药患者言20月然定生存率
     
     

    图142 中药组组生存率曲线较
     
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    第二节 KaplanMeier程
     
    1421 功
    调程系统采KaplanMeier方法病例访资料进行生存分析应实际观察事件时点作生存率评价
     
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    1422 实例操作
    [例142]25例某癌症病时期机化分配AB治疗组进行治疗时访观察1974年5月31日结束资料整理表试结果进行生存率分析
     
    病号
    访天数
    否死亡
    治疗方式
    1
    2
    3
    4
    5
    6
    7
    8
    9
    10
    11
    12
    13
    8
    180
    632
    852
    52
    2240
    220
    63
    195
    76
    70
    8
    13













    A
    B
    B
    A
    A
    B
    A
    A
    B
    B
    B
    A
    B

    14
    15
    16
    17
    18
    19
    20
    21
    22
    23
    24
    25
    1990
    1976
    18
    700
    1296
    1460
    210
    63
    1328
    1296
    365
    23












    B
    A
    B
    B
    A
    A
    B
    A
    A
    B
    A
    B
     
    14221 数准备
    激活数理窗口定义变量名:访天数TIME否死亡DEATH治疗方式TREAT变量TIME原数值输入DEATH输入1否输入0TREATA输入1B输入2
     
    14222 统计分析
    激活Statistics菜单选Survival中KaplanMeier项弹出KaplanMeier话框(图143)话框左侧变量列表中选time点击Ø钮进入time框选death点击Ø钮进入Status框点击Define Event钮弹出KaplanMeierDefine Event for Status Variable话框Single value栏中输入1表明death 1发生死亡事件者点击Continue钮返回KaplanMeier话框选treat点击Ø钮进入Factor框
     
     

    图143 KaplanMeier法生存率分析话框
     
    点击Save 钮弹出KaplanMeierSave New Variables话框选Survival项求观察样例生存率存入原始数库中点击Continue钮返回KaplanMeier话框
    点击Options钮弹出KaplanMeier Options话框Plot栏中选Survival项求绘制生存率曲线图点击Continue钮返回Life Tables话框点击OK钮完成分析
     
    14223 结果解释
    结果输出窗口中统计数:
    先A治疗组资料进行分析原资料生存天数次排列逐例显示生存状态(Status死亡1生存2)生存率(Cumulative Survival)生存率标准误(Standard Error)累积死亡例数(Cumulative Event)尚存活数(Number Remaining)例A组12死亡6生存6存活率5000均生存时间1023天标准误27695信区间482—1563天B组13死亡12生存1存活率769均生存时间607天标准误22695信区间163—1051天
     
    Factor TREAT A

     
    Time Status Cumulative Standard Cumulative Number
    Survival Error Events Remaining
    8 1 1 11
    8 1 8333 1076 2 10
    52 1 7500 1250 3 9
    63 1 4 8
    63 1 5833 1423 5 7
    220 1 5000 1443 6 6
    365 0 6 5
    852 0 6 4
    1296 0 6 3
    1328 0 6 2
    1460 0 6 1
    1976 0 6 0
     
    Number of Cases 12 Censored 6 ( 5000) Events 6
     
    Survival Time Standard Error 95 Confidence Interval
    Mean 1023 276 (482 1563 )
    (Limited to 1976 )
    Median 220 ( )
     
     
    Factor TREAT B
     
    Time Status Cumulative Standard Cumulative Number
    Survival Error Events Remaining
    13 1 9231 0739 1 12
    18 1 8462 1001 2 11
    23 1 7692 1169 3 10
    70 1 6923 1280 4 9
    76 1 6154 1349 5 8
    180 1 5385 1383 6 7
    195 1 4615 1383 7 6
    210 1 3846 1349 8 5
    632 1 3077 1280 9 4
    700 1 2308 1169 10 3
    1296 1 1538 1001 11 2
    1990 0 11 1
    2240 1 0000 0000 12 0
     
    Number of Cases 13 Censored 1 ( 769) Events 12
     

    Survival Time Standard Error 95 Confidence Interval
    Mean 607 226 ( 163 1051 )
    Median 195 80 ( 38 352 )
     
    Total Number Number Percent
    Events Censored Censored
    TREAT A 12 6 6 5000
    TREAT B 13 12 1 769
    Overall 25 18 7 2800
     
     
    系统户请求输出生存率曲线图(图144)图中见生存天数200左右前AB两组生存率相A组维持约50生存率B组断降
    系统观察象生存率计算结果逐送入原始数库保存(图145)变量名sur_1户中见A组治疗8天死亡者8天生存率83333B组治疗180天死亡者180天生存率53846
     
     

    图144 两种治疗方式生存率曲线较
     
     

    图145 生存率分析结果保存
     
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    第三节 Cox Regression程
     
    1431 功
    调程完成病例访资料中事件发生时点系列相关独立变量间关系评价建立Cox回模型(称例风险模型)
    第二节介绍方法仅仅生存资料作较简单统计描述分析素(治疗方式)生存时间影响Cox回模型中某时点t底风险量h0(t)外第i影响素该底风险量h0(t)增eβixi倍成h0(t)·eβixi 果k素时影响生存程时点t风险量(常称风险函数)表达:
    h(t) h0(t) ·e(β1x1+β2x2++βkxk)
     
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    1432 实例操作
    [例143]某医师研究急性白血病患者生存率时收集33名患者资料Ag阳阴性分组(Ag阳性组17例Ag阴性组16例)时考察白细胞数影响作试表资料作Cox回模型分析
     
    Ag阳性组
    Ag阴性组
    生存月数
    否死亡
    白细胞数(×109 L)
    生存月数
    否死亡
    白细胞数(×109 L)
    1
    1
    4
    5
    16
    22
    26
    39
    56
    65
    65
    100
    108
    121
    134
    143
    156

















    1000
    1000
    170
    520
    60
    350
    320
    54
    94
    23
    1000
    43
    105
    100
    26
    70
    08
    2
    3
    3
    3
    4
    4
    4
    7
    8
    16
    17
    22
    30
    43
    56
    65
















    270
    100
    280
    210
    190
    260
    1000
    15
    310
    90
    40
    53
    790
    1000
    44
    30
     
    14321 数准备
    激活数理窗口定义变量名:生存月数TIME否死亡DEATH白细胞数WBCAg阳性否AGTIME原数输入DEATH输入1否输入0WBC原数输入AG阳性输入1阴性输入2
     
    14322 统计分析
    激活Statistics菜单选Survival中Cox Regression项弹出Cox Regression话框(图146)话框左侧变量列表中选time点击Ø钮进入time框选death点击Ø钮进入Status框点击Define Event钮弹出Cox RegressionDefine Event for Status Variable话框Single value栏中输入1表明death 1发生死亡事件者点击Continue钮返回Cox Regression话框选wbcag点击Ø钮进入Covariates框
     
     

    图146 Cox回模型分析话框
     
    Method处拉菜单系统提供7种回运算方法户选择:
    1Enter:变量强制进入回方程
    2Forward Conditional:假定参数基础作似然概率检验前逐步选择变量
    3Forward LR:局部似然基础作似然概率检验前逐步选择变量
    4Forward Wald:作Wald概率统计法前逐步选择变量
    5Backward Conditional:假定参数基础作似然概率检验逐步选择变量
    6Backward LR:局部似然基础作似然概率检验逐步选择变量
    7Backward Wald:作Wald概率统计法逐步选择变量
    例变量较少选Enter法
    点击Plots钮弹出Cox RegressionPlots话框Polts Type栏中选Survival项求绘制生存率曲线图时选Hazard项求绘制风险量变化图然点击Continue钮返回Cox Regression话框
    点击Save 钮弹出Cox RegressionSave New Variables话框Survival栏中选Function项求生存率计算结果存入原数库Diagnostics处选Hazard function项求风险函数计算结果存入原数库选X*Beta项求计算变量系数积存盘完成选择点击Continue钮返回Cox Regression话框
    点击Options钮弹出Cox RegressionOptions话框Model Statistics栏中选At last step项求显示回方程拟合程终结果时选Display baseline function项求显示样底风险量点击Continue钮返回Cox Regression话框点击OK钮完成分析
     
    14323 结果解释
    结果输出窗口中统计数:
    系统显示33例样进入分析中29例观察期死亡4例存活存活率121Cox回方程拟合结果χ2检验χ2值11773P 00028表明AGWBC两变量生存状态均作风险量增加倍数e(00089×WBC 11219×AG)中白细胞数变量系数正值意味着白细胞数愈高死亡风险愈Ag变量系数负意味着Ag阳性者死亡风险
     
    33 Total cases read
    0 Cases with missing values
    0 Valid cases with nonpositive times
    0 Censored cases before the earliest event in a stratum
    0 Total cases dropped
    33 Cases available for the analysis
     
    Dependent Variable TIME
     

    Events Censored
    29 4 (121)
     
    Beginning Block Number 0 Initial Log Likelihood Function
     
    2 Log Likelihood 153394
     
    Beginning Block Number 1 Method Enter
     
    Variable(s) Entered at Step Number 1
    AG
    WBC
     
    2 Log Likelihood 142761
     
    ChiSquare df Sig
    Overall (score) 11773 2 0028
    Change (2LL) from
    Previous Block 10633 2 0049
    Previous Step 10633 2 0049
     
    Variables in the Equation
    Variable B SE Wald df Sig R Exp(B)
    AG 11219 4505 62025 1 0128 1655 3256
    WBC 0089 0052 29703 1 0848 0795 10089
     
     
    接着系统显示生存时点(样)底风险量(Cum Hazard)生存率(Survival)生存率标准误(SE)底风险量标准误(SE of Cum hazard)提示原数库中产生三新变量生存率风险例风险量倍数
     
    Baseline At mean of covariates
    Time Cum Hazard Survival SE SE of Cum Hazard
    1 0701 9503 0338 0510
    2 1069 9252 0415 0778
    3 2286 8468 0574 1663
    4 3730 7623 0691 2714
    5 4305 7311 0738 3132
    7 4907 6998 0776 3570
    8 5555 6676 0809 4041
    16 6977 6020 0858 5075
    17 7755 5688 0877 5642
    22 9484 5016 0895 6899
    30 10552 4641 0901 7677

    39 11770 4248 0910 8562
    43 13251 3814 0894 9640
    56 17359 2829 0829 12628
    65 23579 1799 0679 17153
    100 28882 1223 0635 21011
    108 35394 0762 0521 25748
    121 43891 0411 0369 31929
    143 64697 0090 0133 47066
    156 0000
     
    Covariate Means
    Variable Mean
    AG 5152
    WBC 291667
     
    3 New variables have been added
    Name Label
    SUR_1 Survival Function
    HAZ_1 Cumulative Hazard Function
    XBE_1 X'Beta
     
     
    输出Cox模型生存率曲线图(图147)中见时间延长患者生存率逐渐降接160月时生存率0
     
     

    图147 Cox模型生存率曲线
     
    图Cox模型风险量曲线图趋势十分明显时间延长患者生存历死亡风险愈愈140月时约起初(0月)5倍
     
     

    图148 Cox模型风险量曲线
     
    系统原始数库中生存率变量sur_1风险例变量haz_1风险量倍数变量xbe_1存盘(图149)户中见治疗1月死亡白细胞数1000×109 LAg阳性者生存率94592风险例5560风险量倍数008695治疗26月尚存活白细胞数320×109 LAg阳性者生存率66318风险例41070风险量倍数051874
     
     


    图149 Cox回模型分析结果保存

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