IBM HS22 刀片集群系统户手册
第二版
南京学高性计算中心编制
2010 年 11 月 6 日
目 录
IBM HS22 刀片集群系统硬件架构软件配置 ……………………………… 3
11 硬件架构 ………………………………………………… 3
111 系统总体拓扑图 …………………………………………………………3
112 节点命名规 …………………………………………………………3
113 登录节点配置 …………………………………………………………3
114 计算节点配置 …………………………………………………………4
115 存储系统配置 …………………………………………………………4
116 网络交换机配置 …………………………………………………………4
12．软件 …………………………………………………………5
121 操作系统 ……………………………………………………………5
122 系统理工具 ……………………………………………………………5
123 作业理调度系统 …………………………………………………………5
124 编译软件 ……………………………………………………………5
125 应软件 ……………………………………………………………5
二IBM 刀片集群系统接入方式 …………………………………………………6
21 Windows 户接入方式 ……………………………………………………6
22 Linux 户登录传输文件 …………………………………………………8
三Linux 系统常命令 ……………………………………………………9
31 基目录文件操作 …………………………………………………9
32 文件包解包 ………………………………………………11
33 关进程命令 ………………………………………………12
34 命令帮助参考 ………………………………………………12
35 文编辑工具 vi 快速参考 ………………………………………………13
四编译环境 ………………………………………………15
41 编译系统 ………………………………………………15
42 数学核心库 MKL ………………………………………………15
43 行编译环境 ………………………………………………16
五作业理调度系统 ………………………………………………18
51 lsf 基介绍 ……………………………………………………18
52 LSF 作业生命周期流程 ………………………………………………18
53 IBM HS22 集群系统队列划分 ………………………………………………18
54 队列理调度策略 ………………………………………………19
55 利 LSF 递交作业 ……………………………………………………19
56 作业理 …………………………………………………………22
57 查系统队列配置 …………………………………………………………22
58 查机器分组情况 …………………………………………………………22
59 查机器载荷情况 …………………………………………………………23
510 查节点 CPU 负载情况 ……………………………………………23
511 统计户机时 …………………………………………………………23
2IBM HS22 刀片集群系统硬件架构软件配置
11 硬件架构
111 系统总体拓扑结构图
112 节点命名规：
根途系统节点分：
（1） 登录节点：c01n01 c01n02…c01n10 应网址：172191811…172191820
（2） 计算节点：c02n01c02n02…c02n14
c03n01c02n02…c03n14
……
c28n01c28n02…c28n10
c29n01c29n02…c30n14
c30n01c30n02…c30n14
(3) 行存储节点： fnode01fnode20
(4) 作业理调度节点：qnode01qnode02qnode03
113 登录节点配置：
HS22 刀片中心 9U 高度2X2900W 电源20Gb14 口 Infiniband 交换
机双千兆 14 口外六口交换机双百兆理网口14 刀片插槽
刀片 2 路 Intel Xeon 5550 267GHz 4 核处理器
节点配备 24GB DDRIII ECC 1333GHz 存
置 2 块 146GB SAS 硬盘
置 2 双 1000Mbps 网卡
块 Infiniband（20GbS）网卡
块光纤存储卡（4GbS）
3 登录节点包括 5 套网络：千兆外部接入网络千兆作业调度Infiniband
行计算互联网络百兆理网络光纤存储网络
114 计算节点配置：
HS22 刀片中心 9U 高度2X2950W 电源20Gb14 口 Infiniband 交换
机千兆 14 口外六口交换机双百兆理网口14 刀片插槽
刀片 2 路 Intel Xeon 5550 267GHz 4 核处理器
节点配备 12GB DDRIII ECC 1333GHz 存
置 146GB SAS 硬盘
置 1000Mbps 网卡作业理调度
块 Infiniband（20GbS）网卡作业行计算高速互联
计算节点包括 3 套网络：千兆作业调度理网络Infiniband 行互联
网络百兆理网络
115 存储系统配置：
存储系统分两部分：
第部分作户家目录备份 IBM DS5300 SAN 存储构成SATA 磁
盘阵列裸容量 128TB双存储控制器16GB 享缓存16 4Gb 光纤机接
口4Gb 光纤存储网络做成两 GPFS 文件系统通光纤接口分连接 10
登录节点提供 2GB IO 总带宽户家目录登录节点路径：
gpfssan1homeusername gpfssan2homeusername
第二部分作行计算时时工作缓区总 20 台 IBM X3650 机架服
务器组成：
（1） Infiniband 存储网络数传输带宽 20Gbs连接集群系统中节点
（2） 配置成两 GPFS 网络文件系统挂接 10 登录节点 402 计算节点
户开辟块 tmp 区挂接家目录户需行计算作业脚
运行数关程序拷贝该区 bsub 递交作业
（3） 20 存储节点分命名 fnode01～fnode20存储节点通 SAS 卡 6 块
450GB SAS 盘直连中块硬盘作系统盘 5 块盘做成 raid5 磁盘阵
列 提供 320Mbs IO 带宽通 Infiniband 交换机高速网络系统连
接组成 1 gpfs 文件系统提供 6GBs IO 总带宽
存储节点挂载路径：gpfsTMP
116 网络交换机配置：
1161 两台 IB 交换机： Voltaire ISR 2012 20Gbs GPFS 文件系统网络
计算网络台 288 口接入登录节点存储节点计算节点两台交换机互联
1162 四台 BNT 交换机： G8000 BNT Rack Switch 外网接入作业调
度网络 台两万兆口行48 口千兆接入计算存储调度登录节点
1163 三台 DLink 百兆交换机：D_link 10100M Switch 系统理网络
412 软件
121 操作系统
RedHad Linux 53 64 bits Enterprise Server Edition 提供标准 64 位 Linux 操作环
境
122 系统理工具 IBM xCAT 13
123 作业理调度系统 Platform LSF 72
124 编译软件：
Intel C 110C++ 110
Intel Fortran 110
Intel MKL100 库
OpenMPI
Intel MPI32
Mpich 20
125 应软件：
1．Gaussian 03
2 VASP
3 AMBER
4 WRF
5 MM5
6 Material Studio
5二IBM 刀片集群系统接入方式
中心接入校园万兆光纤交换机6 条千兆线路接入登录刀片中心交换机
c01n01…c01n10 十登录节点
般户开户时会新户设立户名初始密码户第次
登录 passwd username 命令更改密码里 username 户名
户建立账号时 已 bashrc 文件中设置基户软件环境
户根实际需 修改 bashrc 文件变更软件工作环境
校外户利南京学 VPN 校外 bras 先进入南京学校园网络利
方式接入高性计算中心登录节点
21 Windows 户接入方式
211 利 FSecure SSH Client 登录界面：
212 利 Xmanager 进行登录：
6
213 利 Putty 登录界面：
7214 传载户数
户作业脚源程序输入数传登录节点户目录 计算结
果载 Windows NTXP 环境建议户 FsecureSSH transfer 客户端工具
Linux 系统推荐 sftp 客户端工具
然许支持 SSH 协议终端工具
22 Linux 户登录传输文件
221 Linux 户直接开普通终端 X 终端登录键入：ssh 172191811
进入登录界面
[zql@hpm ~] ssh 172191819
zql@172191819＇s password
Last login Mon Nov 1 152039 2010 from 20211946100
[zql@c01n09 ~]
222 scp sftp 等命令传输文件数
利 sftp 传输远程机文件前目录
sftp zql@2021194623homezqltestf90
利 scp r 传输远程机目录前目录
scp r zql@20211946100homezqlNAG
远程机利 scp –r 复制 c01n09 目录
[zql@hpm ~] scp r zql@172191819gpfssan1homezqltest
zql@172191819＇s password
testc 100 2128 21KBs 0000
testf 100 2573 25KBs 0000
8三Linux 系统常命令
31 基目录文件操作
311 查前目录 pwd
pwd
gpfssan1hometest
312 改变前目录 cd <相绝路径>
cd 户级目录回户目录
cd testtt 前目录 test 目录 tt 目录里
cd srcdoc 级目录 src 目录 doc 目录里
cd gpfssan1appsintelCompiler 指定路径
313 创建目录 mkdir <目录名>
mkdir data 前目录创建 data 目录
mkdir testttdata 前目录 test 目录 tt 目录创建 data 目录
314 删空目录 rmdir <目录名>
rm data 删空目录 data 删非空目录
315 移动换名 mv <源文件原目录> <目标文件目标目录>
mv vitex vitxt 文件 vitex 换名 vitxt
mv data data1 目录 data 换名 data1
316 复制文件目录 cp <参数> [源文件] [目标文件路径]
cp –a document doc 前目录 document 原属性复制前目录 doc
目录中
cp –r data maya 前目录 data 目录复制级目录 maya 目录中
317 删文件目录 rm <参数> <文件名>
rm –rf data 递强制删前目录 data 目录中全部容 data 目录
身
rm –i * 提问性删前目录文件回答 y yes 删提示文件
318 输出文件列表 ls <参数> [目录文件名]
ls l 列出前目录目录文件详细信息
drwxrxrx 5 zql hpc 32768 Oct 13 1643 software
rwxrr 1 zql hpc 3691 Nov 1 1512 vitex
lrwxrwxrwx 1 zql hpc 6 Nov 1 1624 vitxt > vitex
第字符位置表示文件类型d表示 software 目录表示 vitex
普通文件l 表示链接文件面 9 字符位置分表示文件属组
户户该文件读写执行权限r表示读w表示写x表示
执行字段文件连接数面分属名组名文件字节数生成
9修改文件时间文件目录名
ls –la 列出前目录文件（包括文件名前加隐藏文件）信息
ls lt 创建修改时间排列显示文件
ls lS 文件排列显示文件
ls 显示文件目录名
319 统计前目录中文件子目录总 du <参数> [路径名]
du –k KB 单位列出前目录子目录容量总容量
du ms MB 单位列出前目录总容量
du –h 动 GMK 单位列出前目录子目录容量总容量
3110 显示文件全部容 cat <文件名>
cat vitex
3111 显示文件开头部分容 head <参数> <文件名>
head –n 20 vitex 显示 vitex 前 20 行
3112 显示文件末尾部分容 tail <参数> <文件名>
tail –n 30 vitex 显示 vitex 30 行
3113 分屏查文件容 more less <参数> <文件名>
more vitex 分屏查文件 vitex 容
less readmedoc 分屏查文件 readmedoc 容
执行命令输出信息较时利输入输出重定方式分屏查：
ls –al|more
ls –la |less
3114 创建空文件 touch <文件名>
touch kl 创建空文件 kl
3115 改变文件属性 chmod <参数> <属性> <文件名目录>
chmod 755 kl 文件 kl 改成读写执行组户准读执
行
chmod –R +rwx test前目录 test 目录子目录文件改成读写
执行组户属性变
3116 搜索符合条件文件 find <路径> name <文件名>
find gpfssan1apps –name ifort gpfssan1apps 目录开始查找名 ifort
文件
3117 文件中搜索匹配字符串 grep <参数> <字符串> <文件路径名>
常参数：i 忽略写r 子目录递搜索v 反匹配模式n 显示匹配行
行号
grep –inr MPI_Init testf90 testf90 文件中查找 MPI_Init 字符串行
10
3118 统计文件字符数词数行数 wc <参数> <文件名>
wc list 列出 list 文件行数词数字符数
405 3631 31906 list
wc –l list 列出 list 文件行数
405 list
3119 较两文件处 diff <文件名 1> <文件名 2>
diff joinc join1c
32 文件包解包
321 文件包解包工具 tar <参数> <目标文件路径文件名> <源文件路径>
tar cvf datasrctar src 前目录 src 目录中目录文件包成
srctar 放级目录 data 目录中
tar xvf srctar 前目录 srctar 前目录解开
322 文件压缩解压缩 gzip <参数> <文件名> gunzip <参数> <文件名>
gzip testtar testtar 文件压缩 testtargz时删 testtar 文件
gunzip testtargz testtargz 文件解压缩 testtar时删
testtargz 文件
323 文件压缩解压缩 bzip2 <参数> <文件名> bunzip2 <参数> <文件名>
bzip2 testtar testtar 文件压缩 testtarbz2时删 testtar 文件
bunzip2 testtarbz2 testtarbz2 文件解压缩 testtar时删
testtarbz2 文件
33 关进程命令
331 列出进程信息命令 ps <参数>
ps –ef
UID PID PPID C STIME TTY TIME CMD
root 1 0 0 Aug15 000001 init [3]
mhgs 9540 9534 99 1412 010049 visd
mhgs 9541 9531 99 1412 010047 visd
中 UID 户号PID 进程号 PPID 父进程号 C 占 CPU 百分STIME
递交进程时间TTY 递交进程时终端TIME 该进程运行时间 CMD 该进
程执行命令
332 杀死进程命令 kill <参数>
kill 9 9540
333 显示机务列表命令 top <参数>
top
PID USER PR NI VIRT RES SHR S CPU MEM TIME+ COMMAND
1110424 root 15 0 12740 1124 816 R 03 00 00002 top
3 root 34 19 0 0 0 S 00 00 00001 ksoftirqd0
4 root RT 5 0 0 0 S 00 00 00000 watchdog0
中 PID 进程号 USER 户名PR 优先级NI 优先级值负值高优先级正
值低优先级 VIRT 进程虚拟存总量单位 kbVIRTSWAP+RES RES 进程
未换出物理存单位 kbRESCODE+DATASHR 享存 S 进程状
态 CPU CPU 时间占百分MEM 进程物理存百分TIME+ 进程 CPU
时间总计单位 1100 秒 COMMAND 命令名
34 命令帮助参考
Linux 系统命令通命令帮助 man 命令等查询命令方法
详细说明
341 命令帮助 command –help
ls –help
命令简单法种方式查询
342 命令详细说明 man <参数>
man ls
Man 命令出查询命令详细解释
343 命令查询 info
info ls
Linux 命令两叁千里列出常少数命令户命令兴趣
请查阅相关手册联机帮助
35 文编辑工具 vi 快速参考
采文模式终端提供GUI 图形模式户编程编辑文
文件时部分 vi 命令
vi 编辑器格式：
vi <文件名>
面出 vi 编辑器快速参考
******************************************************************
vi 快速参考
******************************************************************
vi 分三种工作模式行模式命令模式插入模式
*******************************************************************
行模式
*******************************************************************
exp 前表达式 exp
12exp 表达式 exp
w 编辑缓区容写磁盘
w newfile 编辑缓区容写新文件
w >> file 编辑缓区容追加文件
w file 绝写文件
q 退出编辑
q 退出编辑丢弃编辑缓区容
wq 编辑缓区容写文件退出
x 假需写盘退出
f 编辑显示文件信息
r 读文件缓区
r file 读指定文件缓区
e 重新编辑文件
e 重新编辑文件丢弃编辑缓区容
e file 编辑指定文件
6 光标移第六行
38d 删第 38 行
49m12 移动 49 行第 12 行
25co 13 复制 25 行第 13 行
59w file 写第 59 t 行文件
soldnew 前行中新字符串换第老字符串
soldnewg 前行中新字符串换老字符串
39soldnew 39 行中新字符串换第老字符串
soldnew 行中新字符串换第老字符串
soldnewg 行中新字符串换老字符串
set nu 显示行号
set nonu 取消显示行号
set all 显示全部设置
set list 设置显示见字符
************************************************************
命令模式
************************************************************
hjkl 光标左右移动
G 光标文件行
3G 光标第三行
0 光标前行首
光标前行尾
H 光标屏幕顶部
M 光标屏幕中部
L 光标屏幕底部
n 重复次搜索
N 重复次搜索
x 删光标处字符
dw 删光标处词
13 dd 删行
D 删行尾
d0 删行首
dG 删文件尾
4dd 删 4 行
u 取消改变
* 重做次改变
Y 拷贝行
5Y 拷贝五行
P 粘贴光标
p 粘贴光标
J 行前行相连接
4J 四行前行相连接
>> 右移动前行
3>> 右移动三行
<< 左移动前行
3<< 左移动三行
^d 前翻屏
^u 翻屏
ZZ 假需写盘退出 vi
****************************************************************
插入模式
****************************************************************
a 光标插入
A 行尾插入
cw 改变词
C 改变行
i 光标前插入
I 行首插入
o 光标插入行
O 光标插入行
r 换字符
R 换行 Esc 结束
s 置换字符进入插入状态 Esc 结束
S 置换行进入插入状态 Esc 结束
Esc 返回命令模式
**********************************************************************
14四编译环境
系统装两套编译器套 Linux 系统带 GNU 编译器包括 GNU Fortran GNU
CC++等套 Intel Compiler 111 刀片系统 CPU Intel Xeon Nehalem
4 核处理器更支撑强烈建议户 Intel 编译器 应软件特殊需
外
41 编译系统
411 GNU Fortran GNU CC++ f77 f95 命令usrbin 中
编译链接常命令
G77 Fortran 程序编译链接 优化选项 O2 O3
例：单进程 FORTRAN 程序编译链接
g77 –O2 –o mytest mytestf
cc gcc g++ c++等 CC++程序编译链接 优化选项 O
O2 O3
gfortran –O3 –o mytest mytestf
cc gcc g++ c++等 CC++程序编译链接 优化选项 O
O2 O3
例：单进程 C 程序编译链接
gcc –O3 –o mytest mytestc
关 g77gfortran gccg++命令更详细说明man 命令 查
412 Intel Compiler
软件装gpfssan1appsintelCompiler111064binintel64 目录中支持
C C++ FORTRAN90 FORTRAN95
编译链接常命令
icc Intel 公司 C 语言编译器
例：单进程 C 程序编译链接
icc –O2 –o tt ttc
ifort Intel 公司 FORTRAN 语言编译器
例：单进程 FORTRAN 程序编译链接
ifort –O2 –o tt ttf
编译器更命令参数请man 命令 查
42 数学核心库 MKL
开放源码程序调量数学函数进行种计算长期积累已
较成熟标准化数学库中常见诸线性代数方面 BLASLAPACKScaLAPACK
等等系统 intel MKL 动态静态数学库功包括：
线性代数 BLAS LAPACK
线性代数 ScaLAPACK
线性代数 稀疏矩阵解算器
快速傅立叶转换分布式存处理器（集群）
15量数学库
矢量机数生成器
IntelMKL 安装 gpfssan1appsintelCompiler111064mkl 目录
43 行编译环境
IBM HS22 刀片集群两类行计算种单节点 SMP 架构享存行计
算 OpenMP类分布式消息传递 MPI 行计算
431 OpenMP 程序编译运行
OpenMP组硬件软件商(DECIntelIBMSGI)联合开发编程标准OpenMP
行实际单系统享存计算机进行Intel C++ Fortran for Linux
编译器支持 OpenMP 行需利编译命令结合 –openmp 编译选项进行编译例
：
icc –O2 o myomp openmp myompc
OpenMP C 程序 myompc 编译执行程序 myomp
ifort o myomp openmp myompf90
OpenMP FORTRAN 程序myompf90 编译执行程序 myomp
OpenMP运行般运行前通设置环境变量OMP_ NUM _THREADS控制进程数例
bash 中利 export OMP_ NUM _THREADS8控制进程数8(８节
点里两颗CPU8核)
bsub命令递交作业 bsub –x –np 4 myprogomp 里x 指定作业独占该节点
资源然np 8 关OpenMP编程请参考关文献书籍
面出计算πOpenMP完整例子仅供参考：源程序名pif90
program Compute_pi
integer*4 ni
real*8 wxsumpifa
f(a)4d0(1d0+a*a)
n100000000
w1d0n
sum0d0
OMP PARALLEL DO PRIVATE(x)SHARED(w)REDUCTION(+sum)
do i1n
xw*(i05d0)
sumsum+f(x)
enddo
OMP END PARALLEL DO
piw*sum
print *＇compute pi＇pi
stop
end
程序中 do 循环部分进行 openMP 行
编译：％ ifort –O2 o pi openmp pif90
16递交作业 ％ bsub –n 8 pi
Job <35328> is submitted to default queue
执行结果： more output35328
compute pi 314159265358982
Sender LSF System
Job was executed on host(s) <8*c07n12> in queue
Successfully completed
Resource usage summary
CPU time 062 sec
Max Memory 3 MB
Max Swap 29 MB
Max Processes 1
Max Threads 1
The output (if any) is above this job summary
作业分配 c07n12 节点占８核
样程序单进程计算花费 378 秒 openMP 行计算 062 秒
行效率达 76
432 MPI 程序编译运行
MPI 实设计规范标准提供量消息传递理函数支持
CC++ Fortran 语言编写程序中调绑定编程语言MPI
标准遵标准软件实现具体应程序应该加修改重
新编译运行标准化带优点目前常见支持 InfiniBand 网络 MPI 实现
MVAPICH MVAPICH2 OpenMPI (注意 OpenMP 区)高级编程语言支持方面
GNUPortland Group (PGI)IntelPathScale Open64 CC++
Fortran7790 编译器具体语言编写程序编译调相应命令参书籍
里采行环境 Intel 公司 MPI该 MPI 支持 MPI20 标准
Intel MPI 32 软件安装gpfssan1appsintelimpi321009bin64 目录中运行
环境设置文件 mpivarssh常编译命令mpif77mpif90mpiifortmpigccmpig77
mpigxxmpiicc mpicc 等常行运行命令 mpirun mpiexec 等
编译行源程序例：
mpiicc –O3 –o tc tcc
里 tcc MPI 行 C 语言编写源程序O3 指定优化级o tc 指定
生成运行文件名果指定运行文件名动生成 aout
mpiifort –O3 –o tt ttf
里 ttf MPI 行 FORTRAN 语言编写源程序O3 指定优化级o tt
指定生成运行文件名果指定运行文件名动生成 aout
运行程序例：
mpirun –n 4 –np 32 tt
里n 4 np 32 系统申请 4 节点 32 CPU(核)tt 执行行文件
mpirun –np 8 tc
里np 8 系统申请 8 CPU(核)tc 执行行文件
17五 作业理调度系统
南京学高性计算中心采 Platform 公司 LSF 资源调度软件集群计算资源
进行统调度理户提交作业时统 LSF 作业理系统进行作业提交理监
控删卸载等操作
51 lsf 基介绍
LSF HPC 智化基调度策略高性计算负载均衡理系统通集中监控
调度分析联网计算机负载LSF HPC 限度享计算机 CPU存磁盘License
等计算资源IBM HS22 集群系统安装集成 LSF HPC 70
52 LSF 作业生命周期流程
户登录节点 bsub 命令递交作业作业调度机接收放匹配队列里排队等
系统满足该作业资源条件作业分配相关节点进行计算计算结束时系统
登录节点出计算结果报告错误报告相关信息
注：作业提交登录节点 c01n01…c01n10
53 IBM HS22 集群系统队列划分
Qseq
户作业串行进程提交队列C02C03 C04 刀片中心节点调度
先进先运行策略调度
qsmall
规模应作业队列限制务进程数 2—8 进程先进先运行策略
调度C11C10C09C08C07C06C05C04C03 C02 刀片中心
节点调度
qmedium
中规模应作业队列限制务进程数 9—64 进程先进先运行策略
调度C12C13C14C15C16C17C18C19C20C21 C22 刀片中
心节点调度
Qlarge
户作业队列限制务进程数 9512 进程先进先运行策略调
度C30C29C27C26C25C24C23C22 刀片中心节点调度
队列实际运行情况进行调整
1854 队列理调度策略
qseq 队列：
（1） 串行作业默认调度队列
（2） Qmedium qsmall 队列资源够情况抢占 suspend 相关 qseq
队列作业
qsmall 队列：
（1） 规模计算队列
（2） 优先 qseq 队列应节点区域调度资源够抢占 qseq 队列
qmedium 队列：
（1） 中规模作业调度队列队列 CPU 数目 8 整数倍
（2） 队列 qlarge 队列抢占
（3） 优先 qsmall qseq 队列应节点区域调度资源够抢占 qsmall qseq
队列
qlarge 队列：
（1） 作业调度队列 CPU 数目必须 8 整数倍
（2） qlarge 队列调度策略采 8cpunode 限制措施严格 FIFO 方式预约节点
资源
述队列中户具相优先级
特殊说明外队列作 cpunode 限制采 FIFO 方式预约节点资源遵
循 fairshare 调度策略
55 利 LSF 递交作业
便理充分利计算资源规定户登录计算节点样户通
LSF 递交作业 LSF 动分配调度计算资源
作规模超级计算机系统效利众处理器核心提供计算力需
强作业调度理系统统户交互接收提交类计算务合理分配
计算资源户作业指派具体节点执行户说需关心计算具体里
进行系统会动优化原进行调度仅方便户更提高整系
统利效率作业理系统整计算机系统中重软件环境目前中心
IBM 刀片集群计算机系统作业理系统 Platform 公司 LSF 70 (Load
Sharing Facility) 作业理系统
551 设置 LSF 环境变量
bash
gpfssan1appslsfconfprofilelsf
env | grep LSF
LSF_SERVERDIRgpfssan1appslsf70linux26glibc23x86_64etc
LSF_LIBDIRgpfssan1appslsf70linux26glibc23x86_64lib
LSF_VERSION70
LSF_BINDIRgpfssan1appslsf70linux26glibc23x86_64bin
XLSF_UIDDIRgpfssan1appslsf70linux26glibc23x86_64libuid
LSF_ENVDIRgpfssan1appslsfconf
19
552 作业提交命令 bsub
5521 递交作业缺省队列：
[test1@c01n01 run] bsub a intelmpi n 48 mpirunlsf wrfexe
系统显示：
LSB_SUB_RES_REQselect[ (intelmpi) ]
Job <321> is submitted to default queue < qmedium >
中：
a intelmpi 指定该作业 intel mpi
n 48 指定作业进程数
mpirunlsf LSF 系统脚放执行文件前
wrfexe 执行文件
里户没指定队列调度系统根户申请 CPU 数分配 qmedium 队列
5522 递交作业指定队列：
[test1@c01n01 run] bsub a intelmpi n 512 –q qlarge mpirunlsf wrfexe
系统显示：
LSB_SUB_RES_REQselect[ (intelmpi) ]
Job <321> is submitted to queue
中：
q qlarge 指定作业放入 qlarge 队列排队
5523 指定节点分配 CPU 方式提交作业：
[test1@c01n01] bsub a intelmpi n 16 R span[ptile8] mpirunlsf aout
里R span[ptile8] 指明调度系统需 8 整数倍分配 CPU
5524 脚方式递交作业
vi spoolfile 编辑脚文件
#BSUB q qmedium
#BSUB a intelmpi
#BSUB n 32
#BSUB R span[ptile8]
cd gpfssan1homemghtest
mpirunlsf tt
bsub 递交脚文件
bsub < spoolfile
553 检查作业状态 bjobs
bjobs 命令列出户提交作业作业号户名作业状态作业队列作业提交节
点作业计算节点作业名作业提交时间等信息
[test1@c01n01 run] bjobs
JOBID USER STAT QUEUE FROM_HOST EXEC_HOST JOB_NAME SUBMIT_TIME
321 test1 RUN qmedium c01n01 8*c22n14 *wrfexe Dec 30 1439
8*c30n14
20 8*c23n13
8*c29n13
8*c25n06
8*c25n07
w wide format
aps 等作业作业执行序排序显示
u all 显示作业
分页显示指定作业详细信息：
[test1@c01n01 run] bjobs l 321 | more
Job <321> User
nd
Wed Dec 30 143945 Submitted from host
uested Resources
Wed Dec 30 143949 Started on 40 HostsProcessors <8*c22n14> <8*c30n14> <8*c
23n13> <8*c29n13> <8*c25n06> Execution Home
Wed Dec 30 144458 Resource usage collected
The CPU time used is 128464 seconds
MEM 94878 Mbytes SWAP 188287 Mbytes NTHREAD 1031
PGID 9856 PIDs 9856 9857 9859 10054 9861
PGID 10136 PIDs 10136
PGID 10137 PIDs 10137
PGID 9934 PIDs 9934 9934 9934 9934 9934 9934 9934
554 线检查作业执行结果命令：bpeek jobid
[test1@c01n01 run] bpeek f 321
<< output from stdout >>
starting wrf task 48 of 48
555 查历史作业命令：bhist
[test1@c01n01 run] bhist a
Summary of time in seconds spent in various states
JOBID USER JOB_NAME PEND PSUSP RUN USUSP SSUSP
UNKWN TOTAL
111 test1 *ep 1000 4302 0 1000 0 0 0 5302
112 test1 *ep 1000 5305 0 1000 0 0 0 6305
[test1@c01n01 run] bhist l 321
Job <321> User
Wed Dec 30 143945 Submitted from host
sors Requested Requested Resources
Wed Dec 30 143949 Dispatched to 40 HostsProcessors <8*c22n14> <8*c30n14> <
8*c23n13> <8*c29n13> <8*c25n06>
Wed Dec 30 143949 Starting (Pid 9856)
Wed Dec 30 143949 Running with execution home
ion CWD
d <9856>
Summary of time in seconds spent in various states by Wed Dec 30 144938
PEND PSUSP RUN USUSP SSUSP UNKWN TOTAL
4 0 589 0 0 0 593
56 作业理
561 结束作业进程命令：bkill –r jobid
bkill r 112
562 户作业挂起命令作业执行状态 RUN 转变 SUSPEND：bstop jobid
bstop 112
563 继续执行户作业命令作业执行状态 SUSPEND 转变 RUN：bresume jobid
bresume 112
57 查系统队列配置
[zql@c01n01 ~] bqueues
QUEUE_NAME PRIO STATUS MAX JLU JLP JLH NJOBS PEND RUN SUSP
qseq 45 OpenActive 17 0 17 0
qsmall 40 OpenActive 16 0 16 0
qmedium 35 OpenActive 720 352 368 0
qlarge 30 OpenActive 1008 128 880 0
58 查机器分组情况
[zql@c01n01 ~] bmgroup
GROUP_NAME HOSTS
c30 c30n13 c30n14 c30n01 c30n02 c30n03 c30n04 c30n05 c30n06 c30n07 c30n08 c30n09 c30n10 c30n11 c30n12
c29 c29n13 c29n14 c29n01 c29n02 c29n03 c29n04 c29n05 c29n06 c29n07 c29n08 c29n09 c29n10 c29n11 c29n12
c28 c28n01 c28n02 c28n03 c28n04 c28n05 c28n06 c28n07 c28n08 c28n09 c28n10
…
2259 查机器载荷情况 lsload
[zql@c01n01 ~] lsload |
HOST_NAME status r15s r1m r15m ut pg ls it tmp swp mem
c19n05 ok 100 100 100 44 00 0 13000 108G 10G 10G
c24n09 ok 101 100 100 88 00 0 12992 108G 10G 10G
c16n13 ok 110 110 110 100 00 0 13000 108G 9768M 10G
c20n04 ok 120 120 120 100 00 0 13000 108G 10G 10G
c21n11 ok 120 120 112 100 00 0 12992 108G 9936M 10G
c22n12 ok 120 120 120 100 00 0 12992 108G 10G 10G
510 查节点 CPU 负载情况 bhosts
[zql@c01n09 ~] bhosts
HOST_NAME STATUS JLU MAX NJOBS RUN SSUSP USUSP RSV
c02n01 ok 8 3 3 0 0 0
c02n02 ok 8 4 4 0 0 0
c02n03 ok 8 0 0 0 0 0
c08n01 closed 8 8 8 0 0 0
c08n02 closed 8 8 8 0 0 0
c08n03 closed 8 8 8 0 0 0
511 统计户机时： bacct
5111 统计指定户总机时情况 bacct u username
bacct –u milu
5112 统计指定已完成作业时间 bacct –b jobid
bacct –b 44758
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